tRFUniverse è una piattaforma all’avanguardia che offre possibilità senza precedenti sull’analisi degli RNA non codificanti da tRNA (chiamati ncRNA) e il loro significativo ruolo nel cancro. In uno studio pubblicato sulla rivista open access iScience di Cell Press, è stato dimostrato che, sfruttando questo strumento, i ricercatori e gli sviluppatori possono acquisire una comprensione più approfondita della biologia del cancro.
I ncRNA sono piccoli frammenti di RNA che originano dalle molecole di tRNA, generalmente conosciute per il loro ruolo nella sintesi proteica. Tuttavia, questi specifici frammenti di RNA non codificano proteine, ma sono coinvolti nella regolazione dell’espressione genica e possono influenzare vari processi cellulari. Nel contesto del cancro, sono particolarmente importanti poiché possono condizionare lo sviluppo e la progressione del cancro influenzando come i geni vengono espressi nelle cellule tumorali.
tRFUniverse permette per la prima volta di analizzare in dettaglio i ncRNA
Prima di tRFUniverse, mancava una risorsa completa per studiare in dettaglio queste molecole, in particolare nel contesto del cancro umano. tRFUniverse ha affrontato questa lacuna fornendo una piattaforma specializzata per l’analisi interattiva di queste porzioni di RNA. Gli autori dello studio specificano che la sua importanza risiede nel consentire ai ricercatori di esplorare e comprendere i complessi ruoli dei ncRNA derivati da tRNA nel cancro, fornnedo uno strumento indispensabile in quest’area per giungere a nuove intuizioni e strategie terapeutiche.
L’innovazione sviluppata nei laboratori dell’Università di Catania e dell’Ohio
tRFUniverse è stato sviluppato da un team guidato da Alessandro La Ferlita, Salvatore Alaimo, Giovanni Nigita e Alfredo Pulvirenti, insieme ad altri collaboratori, ed è frutto della collaborazione tra il Dipartimento di Biologia e Genetica del Cancro presso il Medicine College dell’Università dello Stato dell’Ohio e Knowmics, il Laboratorio di Bioinformatica e Analisi Dati presso il Dipartimento di Medicina Clinica e Sperimentale dell’Università di Catania. La loro esperienza combinata in biologia del cancro, genetica e bioinformatica ha facilitato la creazione di questa risorsa online completa per lo studio dei ncRNA derivati da tRNA nei tumori.
Indagati 33 tipo di tumore dell’età adulta e 4 tipi di tumore pediatrico
Lo studio di Cell Press illustra come la piattaforma tRFUniverse possa essere utilizzata per investigare come questi ncRNA vengono espressi in diversi tipi di cancro, come interagiscono con altre molecole e il loro potenziale impatto sulla progressione del cancro e sulla sopravvivenza dei pazienti. Lo strumento, avvalendosi di ampi database sui tumori, ha analizzato l’espressione di queste ncRNA in oltre 13.000 campioni di tumori della popolazione adulta e di tumori pediatrici in 33 e 4 diversi tipi di tumore, rispettivamente.
Una miriade di dati, per capire l’interazione tra i frammenti di RNA e le altre molecole
Oltre ai campioni tumorali, nella piattaforma tRFUniverse si trovano dati sull’espressione dei ncRNA derivati da tRNA in comuni linee cellulari tumorali umane. Da questa analisi, sono stati identificati 44.456 ncRNA derivati da tRNA, che sono stati poi inclusi nel database. Tra i dati a disposizione si possono trovare anche informazioni cliniche, dati sull’espressione di geni e microRNA per i campioni, che aiutano a comprendere le funzioni di questi specifici ncRNA. E dall’analisi delle informazioni estratte dai fluidi biologici umani, i ricercatori possono studiare la presenza degli ncRNA in diversi fluidi umani e le loro interazioni con altre molecole.
Questo sistema di analisi innovativo permette pertanto di ottenere una visione completa di dove si trovano gli ncRNA derivati da tRNA e come potrebbero funzionare, permettendo al mondo della ricerca di progredire nella comprensione del ruolo di questi frammenti di RNA nel cancro e il loro potenziale come bersagli terapeutici o biomarcatori.
